इज़राइल के पास इस बात का कोई सबूत नहीं है कि गाजा अस्पताल को कमांड सेंटर के रूप में इस्तेमाल किया गया था।

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इज़राइल द्वारा अल-शिफ़ा अस्पताल में सेना भेजने से कुछ हफ़्ते पहले, उसके प्रवक्ता ने एक सार्वजनिक मामला बनाना शुरू कर दिया था। दावे उल्लेखनीय रूप से विशिष्ट थे - कि पाँच अस्पताल भवन सीधे तौर पर हमास की गतिविधियों में शामिल थे; इमारतें भूमिगत सुरंगों के ऊपर स्थित थीं जिनका उपयोग आतंकवादियों द्वारा रॉकेट हमलों और कमांड सेनानियों को निर्देशित करने के लिए किया जाता था; और सुरंगों तक अस्पताल के वार्डों के अंदर से पहुंचा जा सकता है। इजराइल रक्षा बलों के प्रवक्ता डैनियल हागारी ने 27 अक्टूबर की ब्रीफिंग में मामले को सामने रखते हुए कहा कि दावे "ठोस सबूत" द्वारा समर्थित थे। 15 नवंबर को परिसर पर हमले के बाद, आईडीएफ ने तस्वीरों और वीडियो की एक श्रृंखला जारी की, जिसमें कहा गया कि यह उसका केंद्रीय बिंदु साबित हुआ। हागारी ने 22 नवंबर को प्रकाशित एक वीडियो में कहा, "आतंकवादी अपने अभियानों की कमान संभालने के लिए यहां आए थे।" वह दर्शकों को एक भूमिगत सुरंग के माध्यम से मार्गदर्शन कर रहे थे, जो अल-शिफा के नीचे अंधेरे और खाली कमरों को रोशन कर रहा था। लेकिन ओपन-सोर्स विजुअल्स, सैटेलाइट इमेजरी और सभी सार्वजनिक रूप से जारी आईडीएफ सामग्रियों के वाशिंगटन पोस्ट विश्लेषण के अनुसार, इजरायली सरकार द्वारा प्रस्तुत सबूत यह दिखाने में असमर्थ हैं कि हमास अस्पताल को कमांड और कंट्रोल सेंटर के रूप में उपयोग कर रहा था। कानूनी और मानवीय विशेषज्ञों का कहना है कि यह गंभीर सवाल उठाता है कि क्या अस्पताल के खिलाफ इजरायल के सैन्य अभियानों - घेरना, घेरना और अंततः सुविधा और उसके नीचे सुरंग पर छापा मारने से हुई नागरिक क्षति - मूल्यांकन किए गए खतरे के अनुपात में थी।